絕育的壞處在于貓咪會肥胖，多數貓咪在絕育后都變身易胖體質，主要是不再發情而只想著吃吃吃造成的；同時絕育過程中也存在麻醉的風險，有實例證明身體本身存在缺陷的貓，可能會醒不過來；絕育帶來最大的隱患在于貓咪骨骼異常。
公貓絕育的壞處
肥胖
貓咪做了絕育后，激素分泌失調，不再受發情的折磨，專心于吃飯睡覺，食量大大增加，而運動消耗卻減少。大量病例表明，大多數貓在絕育后會變得肥胖。
麻醉風險
任何貓咪在絕育前，都需要全身麻醉，既然是全身麻醉，肯定會有一定的風險概率。在近10年的貓咪絕育歷程中，偶爾會出現貓咪麻醉絕育后，有醒不過來的案例。但是這種風險出現的概率非常低，據統計，大概1萬只絕育的貓咪中，只會出現一只醒不過來的貓咪，并且這些醒不過來的貓咪大多是因為其本身帶有某些生理疾病。
所以貓咪絕育前的全面體檢很重要，因為全面體檢，能讓大部分貓咪避開全身麻醉后醒不過來的風險。
骨骼異常
據國外某寵物機構公布的數據，1歲前給貓咪絕育，貓咪在進入老年后，患骨癌的幾率會大大增加。
貓咪的生殖器官會分泌一種激素，這種激素會幫助貓咪骨骼發育，但是如果過早絕育，就會導致貓咪的生殖器官不再分泌這種激素，因此貓咪的骨骼也會停止發育，甚至一輩子都是半成熟狀態。半成熟的骨骼在貓咪年輕的時候不會出現問題，但是一旦貓咪上了年紀，患骨癌的幾率就會大大增加。
部分專家提出的公貓絕育的壞處（未經證實）
1.1歲以前做絕育，極大增加骨癌發病機率；
2.增加心臟血管肉瘤發病機率；
3.3倍增加甲狀腺機能減退機率；
4.增大老年癡呆發病機率；
5.3倍增加肥胖病發病機率；
6.2倍增加泌尿道癌發病機率；
7.增加骨科疾病發病機率；
8.注射疫苗的不良反應。
